深层发酵法是指在液体培养基内部（不仅仅在表面）进行的微生物培养过程。
液体深层发酵是在青霉素等抗生素的生产中发展起来的技术。
同其他发酵方法相比，它具有很多优点：
1. 液体悬浮状态是很多微生物的适宜生长环境。
2. 在液体中，菌体及营养物、产物（包括热量）易于扩散，使发酵可在均质或拟均质条件下进行，便于控制，易于扩大生产规模。
3. 液体输送方便，易于机械化操作。
4. 厂房面积小，生产效率高，易进行自动化控制，产品质量稳定。
5. 产品易于提取、精制等。因而液体深层发酵在发酵工业中被广泛应用。
